Alors que Naruto pensait en avoir fini avec la menace qu'était Nagato, le faux leader de l'akatsuki, tout le monde s'était reposé. Suite à la rencontre Naruto-Sasuke après la mort du Rokudaime Hokage, Danzô, Sasuke a tout d'abord obtenu les yeux de Itachi, lui donnant donc le contrôle du mangekyou sharingan éternel. De son coté, Naruto apprit alors à contrôler la totalité du Chakra de Kyuubi. Grâce à cela, il combattu en duel Killer bee, le jinchuriki d'Hachibi pour mieux contrôler sa force. Killer Bee aida Naruto à avoir un contrôle total sur son bijuu, ce qui fut assez rapide car Kyuubi savait que si son
hôte mourrait, il en était de même pour lui.

Kabuto et Madara s'allièrent pour la quatrième grande guerre ninja. Kisame, lui, profita d'un moment de fatigue de Killer bee, quand il était entrain de dormir, pour l'attaquer par surprise. Réveillé de justesse par Hachibi, Bee et Kisame ce battirent alors en duel. Le combat était titanesque, les deux épéistes ne pouvant être départagé. Sasuke intervint alors, voulant essayer son nouveau pouvoir sur la personne qui l'avait vaincu si facilement il y a peu. Avec l'aide de son tout nouveau Sharingan, il arriva à bloquer le pouvoir de Hachibi, permettant à Kisame d'en finir avec le Jinchuriki d'Hachibi. Vaincu, le bijuu fut alors extrait. Il ne manquait maintenant plus qu'un bijuu à l'akatsuki... Kyuubi.

Kabuto, quand à lui, en avait toujours après Sasuke. Il arrivait à maitriser les mêmes techniques qu'orochimaru, par conséquent, il voulait ce réincarner dans le corps du jeune uchiwa, pour obtenir le Sharingan. Il l'attaqua alors, brisant en même temps son pacte avec Madara. Malgré le pouvoir de l'Edo-Tensei, Sasuke, allié à Madara, arriva à vaincre Kabuto. Profitant alors du moment, Sasuke tua en même temps Madara, épuisé après son combat contre Kabuto. Il ne restait que deux membres de l'akatsuki qui s'allièrent quand même avec Sasuke. Il faut toujours resté avec le plus fort, hein ?

Au conseil des kage, la décision de cacher Naruto était évidente. Si l'akatsuki mettait la main sur Kyuubi, le pire était à venir. Par contre, ils ne savaient pas encore que Madara était mort, chose troublante, Sasuke ne décida pas de capturer Naruto. Son but premier était maintenant de détruire Konoha. Mais un être surgit alors de l'ombre, un ancien membre de l'akatsuki... Pein. En effet, Pein était en vérité vivant. Pein et Nagato. Il tua tour à tour Kisame et Zetsu, son but étant la statue de scellement des bijuu. Avant que Sasuke ne s'en aperçoive, il décida de créer Juubi. Un juubi malheureusement imparfait, Kyuubi étant toujours "libre". Il devint alors son Jinchuriki. Nagato, pour être plus précis. Il arriva tout de même à donner la force de Juubi aux peins, créant donc une multitude de Jinchuriki de Juubi. Créant un nouveau Tendô, il décida d'attaquer Konoha, dans le but de capturer Kyuubi pour créer le Juubi parfait.

Sasuke, apprenant alors la situation, enterra la hache de guerre avec Naruto. Il ne voulait pas que Juubi soit entièrement créer, sinon c'était la fin du monde. De plus, il ne voulait pas que Pein détruise Konoha. Non, c'est lui qui devait le faire, et personne d'autre ! Pour tester ces nouveaux pouvoirs, Nagato détruisit alors tour à tour tout les villages ninja. Iwa, Kumo, Kiri... Avant de faire marche vers... Konoha.

Prêt a en finir avec le faux-chef de l'akatsuki, Sasuke et Naruto unirent leurs force contre cet ultime adversaire. Naruto libéra le sceau de Kyuubi, libérant le renard à neuf queues. A l'aide de son Sharingan, Sasuke pris le contrôle du bijuu avant d'attaquer Juubi.

Durant des heures, le combat fit rage. Et puis soudain, alliant leurs force dans une ultime attaque, Kyuubi / naruto et Sasuke arrivèrent à battre Pein. N'arrivant plus à contrôlé l'énorme dose de chakra, Nagato libéra alors tout les bijuu qui furent enfermé dans des statues à leurs effigie dans les 4 coins du mondes... Nagato, lui, avec les corps des Peins encore en êtat de marche, rentra dans une grande période d'hibernation, ce remettant de la défaite qu'il venait d'essuyé, regagnant en puissance pour un prochain assaut. Naruto et Sasuke, eux, périrent dans la bataille, et Kyuubi fut lui aussi enfermé dans une statue de pierre.

Durant 100 longues années, trois villages réussirent à se "reconstruire", Konoha, Suna et Kiri... Ils étaient très fragiles, malgré le fait qu'ils soient les seuls villages ayant réussi à survivre et redevenir de " vrais " villages. Une toute nouvelle génération de Shinobi faisait surface dans ce temps sombre... Mais, en même temps que la nouvelle génération, Pein sortit alors de son hibernation.. Quand aux Bijuu, certains réussirent à sortir de leurs prison. Le premier était Kyuubi, le démon renard à Neuf queues qui disparu mystérieusement après qu'il est attaqué un petit village...

Pein, décidé à ce venger, décida de reformer l'akatsuki, recrutant les meilleurs ninja qu'il y avait dans cette nouvelle génération, prêt à tout pour pouvoir obtenir Juubi à nouveau...